Что касается даты происхождения натто, то историки до сих пор спорят, оперируя несколькими основными версиями. Одни источники говорят о появлении натто в период Дзёмон, когда рис в Японии начали культивировать, как культуру, и, как следствие, появилась и рисовая солома. Возможно также что натто появилось при династии Яей, когда бобы в Японии получили своё широкое распространение. Вполне возможно, что натто появилось одновременно в нескольких регионах Японии, благодаря простоте его приготовления и доступности его компонентов.

По древней легенде, в 1083 году, когда отряд Минамото-но Ёсииэ в спешке отступал под атакой и бобы, которые варили для лошадей, бросили в мешок с рисовой соломой, который открыли лишь спустя несколько дней. Открыв мешок, солдаты нашли забродившие бобы, но, голодные, все-таки решили их попробовать и их настолько поразил их необыкновенный вкус, что они рассказали Минамото-но Ёсииэ, предложив ему попробовать, который также оценил вкус забродивших бобов.

По другой легенде, принц Сётоку, ночевавший в деревне Варадо пефектуры Сига, варил коню соевые бобы и, накормив его, завернул на ночь их остатки в рисовую солому и повесил  на дерево. Утром, сняв с ветки бобы, он увидел, что бобы забродили, но все же их попробовал с солью и ему так понравился их  вкус, что он рассказал этот рецепт приготовления бобов жителям деревни.