Революцию в производстве натто произвело открытие сенной палочки в эпоху Тайсё. Это позволило уйти от использования соломы, что увеличило производительность и облегчило изготовление натто.

Для приготовления натто используются соевые бобы или специальные натто-бобы. Чем мельче бобы, тем лучше будет  натто, так как в крупных бобах брожению труднее проникнуть в сердцевину. Сначала бобы моются, а затем их замачивают на 12-20 часов. Размоченные бобы в течение нескольких часов подвергают обработке паром. После охлаждения в бобы добавляют культуру сенной палочки натто-кин. После этого натто бродит около суток при температуре плюс 40 градусов, после чего готовый продукт охлаждается и держится в холодильнике до семи дней. Этот процесс называется выстаиванием. В процессе выстаивания сенная палочка натто-кин производит споры, ферментами которых соевый белок разлагается на асминокислоты. Так натто приобретает тягучесть.

Употребление натто очень разнообразно и зависит как от района Японии, так и от времени года. Его едят с рисом, зеленью, японской редькой Дайкон, соевым соусом, а также добавляют  в лапшу, супы, суси и салаты. Натто жарят, сушат и даже морозят и каждый вид обработки придает этому продукты свой незабываемый вкус, который некоторым сначала может показаться неприятным. Натто настолько популярен в Японии, что в год

Сейчас в Японских магазинах натто продается в упаковке по 50 грамм, рассчитанных на одну чашку риса, а в cтранах Европы натто продается замороженным.

Несмотря на то, что натто является достаточно сытным продуктом, оно относится к низкокалорийным продуктам и является необходимым компонентом множества различных диет. Исследования японских ученых доказали не только диетические, но и лечебные качества натто, которое применяют при лечении дизентерии, облысении, химические соединения, выделенные из натто уменьшают свертываемость крови. В настоящее время учеными исследуется положительное влияние веществ, полученных из натто на лечение болезни Альцгеймера.