Более 66 процентов территории Японии покрыто лесами. В Японии произрастает более 700 различных деревьев и кустарников, а также более 3000 видов трав.
На острове Хоккайдо растут хвойные еловые и пихтовые леса, с бамбуковым подлеском. С увеличением высоты, лес плавно сменяется кедровым стлаником и березняком, а также кустарниковыми пустошами и травянисто-кустарниковыми формациями. На севере Хоккайдо произрастают хвойные леса, верхняя граница которых лесов составляет 500 метров, а в южных районах преобладают листопадные широколиственные леса. На юго-западе острова также имеют верхнюю границу в 500 метров, сменяясь более низкорастущими культурами.
Для Хонсю тоже характерны листопадные широколиственные леса, там произрастают бук, ясень, липа, клён, каштан, и дуб, которые в некоторый местах поднимаются выше полутора километров, а хвойные леса поднимаются до двух километров. В нижних частях горных склонов Хонсю, на 38° южнее северной широты, острова Сикоку и Кюсю до высоты 800 метров покрыты вечнозелёными субтропическими лесами, которые состоят из: японского кипариса, вечнозелёного дуба, камфорного дерева, магнолий, криптомерий и других деревьев. На крайнем юге Кюсю, а также на островах Рюкю на высотах до 300 метров преобладают муссонные леса из участием фикусов,пальм, бамбуков, древовидных папоротников и орхидей.
Почвы в Японии без тщательной обработки малопригодны для земледелия. В северной части страны преобладают подзолистые или болотно-луговые почвы, а на юге страны и в умеренном поясе —лесные бурые почвы. В субтропических и тропических зонах , преобладают желтозёмы и краснозёмы, а в горах почвы каменистые, иногда содержащие вулканический пепел и только на равнинах встречаются аллювиальные окультуренные почвы.