В сравнении c материковой фауной, животный мир Японии является сравнительно обедненным из-за островной изоляции, а некоторые видовые формы заметно измельчены. Но по той же причине островной изоляции, в на японских островах сохранено много эндемических и реликтовых видов. Фауна Японского архипелага включает 270 видов различных млекопитающих, более 800 видов птиц и 110 видов земноводных. Благодаря преобладанию горного рельефа, на островах в основном обитают виды, больше приспособленные к жизни в гористых лесах. Однако бедная наземная фауна компенсируется богатым морским разнообразием: моря, которые омывают Японию, насчитывают более 600 различных видов рыб и более 1000 видов моллюсков.

На острове Хоккайдо обитают такие виды, как бурый медведь, горностай, ласка, соболь. Помимо того, как на Хоккайдо, так и на острове Хонсю встречаются такие виды, как волк, лисица, барсук, енотовидная собака, выдра и заяц, а на юге от Сангарского пролива обитает чёрный медведь, японская макака, антилопа и исполинская саламандра. В Японии также обитает и тропическая фауна на территориях южнее пролива Тогара.

В Японии из птиц обитают ласточка, синица, дятел, дрозд, тетерев, скворец,  журавль, аист, орёл, ястреб, сова. На морском побережье обитают также и  морские птицы. Из пресноводных видов рыбы в Японии можно встретить карпа, сома, угря и миногу, а искусственно здесь разводят таких рыб, как угорь и лососёвые, включая форель. В прибрежных водах отлавливаются такие промысловые рыбы, как сельдь тихоокеанская, иваси, камбала, тунец и треска. Помимо рыбы отлавливают также крабов, устриц и креветок.

Не смотря на претензии мирового сообщества и экологических организаций, Япония, как и Норвегия до сих пор продолжает промышленный отлов китов.