После того, как дерево, отобрано для культивирования, нам необходимо "научить" его не расти. Основная задача мастера - создать условия, которые позволят ограничить естественный прирост в домашних условиях, что является непростой задачей. Деревья, выращенные на высокогорье, существенно ниже, чем те, которые выросли на равнине. Причиной замедления роста растений в горах является низкое плодородие почвы, нехватка воды и постоянное действие холодного ветра. У мастеров бонсай есть в арсенале ряд и других методов, которые, однако, приводят к одинаковому результату. Для того чтобы ствол и крона имели нужную форму, используется набор специальных инструментов и приборов: весы, веревки, мягкая проволока, клинья, зажимы, муфты и прокладки, кусачки, стамески, пилы, плоскогубцы, секаторы, ножницы... Первым делом режутся корни, ветви и новые почки - растение не должно расти вверх. Основной принцип работы мастера бонсай такой же, как и у скульптора - отрезать все лишнее.
Стилей бонсай множество, все они были созданы на протяжении многих столетий. В первую очередь, внимание должно быть сосредоточено на расположении ствола и ветвей месте, хотя некоторые стили придают значение также и форме корней.
Кроме обычного дерева с прямым стволом с обычной короной бывает «дерево, пораженное молнией» с деформированным голым стволом лишь с несколькими живыми ветками в верхней части) или «дерево, согнутое ветром», когда ветви наклонены ствол растет только на одной стороне. Корни дерева в стиле «Каскад» свисают из контейнера, как с обрыва.
Особенно ценятся растения с голыми корнями, которые как бы «обнимают» камень, которые должны походить на деревья в горах, растущие из последних сил, цепляясь за камни. Всегда нужно следовать одному важному правилу: растения не должны быть в центре керамического контейнера, поскольку в реальной жизни никогда не бывает строгой симметрии.
Пожалуй, самые популярные бонсай – деревья, растущие одиночно, тем не менее, возможно выращивание из одной корневой системы расти и нескольких побегов. Самые большие трудности ждут мастеров, решивших выращивать рощу из нескольких деревьев, как правило, одного вида. По присущему всей японской культуре принципу асимметрии, количество деревьев должно быть нечетным.